A NAV felügyeletét a miniszterelnök által kijelölt miniszter látja el, ő - a pénzügyminiszter szerepét is átvett - nemzetgazdasági miniszter lesz. Az egységes szervezet a feladatait központi, középfokú és alsó fokú szervei útján látja el.

Az új egységes Nemzeti Adó- és Vámhivatal központi szervei: a központi hivatal, a bűnügyi főigazgatóság, az informatikai feladatokat ellátó intézetek, valamint a humánerőforrás-fejlesztési feladatokat ellátó intézet. A javaslat szerint a bűnügyi főigazgatóság és a humánerőforrás-fejlesztési feladatokat ellátó intézet jogi személyiséggel rendelkező - a NAV költségvetési fejezetén belül önállóan működő és gazdálkodó - költségvetési szervek lesznek.

Az állami adóhatósági feladatokat ellátó szerve az állami adó- és vámhatóság adóztatási szerve. A vámhatósági feladatokat ellátó szerve pedig az állami adó- és vámhatóság vámszerve. E két szervezet, valamint a bűnügyi főigazgatóság közép- és alsó fokú szervekkel is rendelkezik majd.

A NAV elnökét - határozatlan időtartamra - a felügyelő miniszter javaslatára, a miniszterelnök nevezi ki, és menti fel. Elnöknek jogi vagy közgazdasági felsőfokú iskolai végzettséggel rendelkező magyar állampolgár nevezhető ki. Az elnökhelyetteseket és a gazdasági vezetőt - szintén határozatlan időtartamra - az elnök nevezi ki, és menti fel. Elnökhelyettessé jogi, közgazdasági vagy szakirányú felsőfokú iskolai végzettséggel rendelkező magyar állampolgár nevezhető ki.

Mindkét elnökhelyettes munkáját két szakfőigazgató támogatja, őket - az érintett elnökhelyettes javaslatára - az elnök nevezi ki, és menti fel. A NAV az informatikai rendszerek és az elektronikus ügyintézés fejlesztése érdekében gazdasági társaságot működtet, amelynél a tulajdonosi jogokat az elnök gyakorolja. A javaslat részletezi az adó- illetve a vámigazgatást végző szervezetek feladatait. Például a NAV vámigazgatási jogkörében végzi - egyebek mellett - az Európai Mezőgazdasági Garanciaalapból (EMGA) finanszírozott kifizetésekhez kapcsolódó utólagos ellenőrzéseket is.

Az új szervezet személyi állománya kormánytisztviselőkből, szolgálati viszonyban álló hivatásos állományú tagokból (pénzügyőrökből), kormányzati ügykezelőkből és munkaviszonyban álló munkavállalókból áll. A fizetési besorolásokat a javaslat melléklete tartalmazza. Az azok alapján kiszámított illetményeket három év múlva kell elérni, de a jövő év első napján sem lehet kevesebb egy korábbi APEH és VP alkalmazottak illetménye sem az idei év véginél. A havi rendszeres illetménynél az alapilletményt, az illetmény kiegészítést, és a rendszeres juttatásnak minősülő illetménypótlékokat kell figyelembe venni.

Külön fejezet foglalkozik a pénzügyőrök jogaival és kötelezettségeivel. Mivel ez fegyveres testület, így a javaslat részletesen szabályozza a fegyverhasználat mellett a kényszerítő eszközök alkalmazását is, majd a következő fejezet a titkos információgyűjtésről szól.

A Nemzeti Adó- és Vámhivatal az Adó- és Pénzügyi Ellenőrzési Hivatal, valamint a Vám- és Pénzügyőrség általános jogutódja, ideértve a megszűnő szervezetek valamennyi közfeladatának jövőbeni ellátását, továbbá valamennyi jogát és kötelezettségét, valamint vagyonát, vagyoni jogait és előirányzatait is. Ugyancsak általános jogutód a NAV az APEH és a VP alkalmazásában állók feletti munkáltatói jogok gyakorlásában.

A javaslat végezetül sok ponton módosítja az adózás rendjéről szóló törvényt összhangban a szervezeti változással, de más jellegű módosításokkal is. Így például kiegészíti azzal a szabállyal, hogy az adóhatósági igazolás kiállítására irányuló kérelmet a kérelem beérkezésétől számított 8 napon belül kell teljesíteni.